En cuanto pudo volvió a los laboratorios del hospital y allí trabajó día y noche. De manera casi milagrosa, su salud fue ganando fortaleza. Reflexionando acerca de este milagro, llegó a la conclusión de que una meta en la vida de un hombre, es el factor decisivo para la felicidad, y que fue el seguimiento de su propio propósito lo que le había devuelto a la vida. Sus vacunas fueron finalmente adoptadas por toda la profesión médica. Durante la gripe epidémica de 1918, Bach salvó la vida de miles de soldados de las tropas inglesas con su vacuna.

Cuando finalmente estuvo restablecido de su enfermedad, incrementó su actividad investigadora, al mismo tiempo que su reputación como bacteriólogo estaba por las nubes, propiciando el aumento de pacientes en su consulta de Harley Street. En 1918 Edward Bach renunció al Hospital, y organizó un pequeño laboratorio privado donde siguió con sus investigaciones. Andaba bastante mal económicamente, pues todo el dinero que ganaba lo invertía en equipamiento para el laboratorio. En 1919 ingresó al London Homeopathic Hospital como patólogo y bacteriólogo, donde estuvo hasta el año 1922. Fue allí donde cayó en sus manos el Organón de Hahnemann, creador de la homeopatía. La coincidencia entre los descubrimientos de Bach y los de Hahnemann (relación entre por ej. enfermedad y personalidad), le hizo interesarse por la homeopatía. El principio "tratar al paciente y no a la enfermedad" se hizo ya inquebrantable para Bach. Finalmente, elaboró unas vacunas orales homeopáticas que substituían a la vacuna inyectable. Bach clasificó en siete grupos la gran variedad de bacterias presentes en el intestino, y preparó una vacuna diferente para cada tipo de bacteria. Eran los llamados siete nosodes de Bach. Un nuevo descubrimiento lo alentó: la presencia intestinal de uno u otro de los 7 tipos se correspondía con gran fiabilidad a un tipo concreto de personalidad: se podía entonces deducir el nosode adecuado haciendo un simple estudio de la personalidad del paciente, sin pruebas de diagnóstico y acelerando así el inicio del tratamiento.

En 1922 abandonó su trabajo en el London Homeopathic Hospital para proseguir su enorme trabajo en Harley Street y su actividad en su pequeño laboratorio, donde atendía gratuitamente. Pero como debía proseguir su trabajo con los siete nosodes, mudó su pequeño laboratorio a otra parte, convirtiéndolo en un gran laboratorio. Los homeópatas le llamaban ya el "segundo Hahnemann". Escribió múltiples artículos y obras, dando siempre a conocer cualquier pequeño descubrimiento a la profesión médica. Médicos de otros países iban a trabajar con él en su laboratorio para aprender las nuevas técnicas. Sus vacunas se usaban ya en todo el mundo.

De todos modos, los nosodes no le acababan de satisfacer: en primer lugar, no se podían tratar todas las enfermedades; en segundo lugar, la materia prima de los nosodes (bacterias) no le parecía la más adecuada, pues él deseaba obtener sus remedios a través de substancias más puras. Empezó a pensar en las plantas.

En el tiempo en que estuvo en Londres ingresó en la Masonería. Esto hace suponer que buscaba un conocimiento interior profundo, y el aumento progresivo de sus facultades sensitivas y poderes de curación nos hacen pensar que efectivamente encontró ese camino particular que lleva a las verdades espirituales. En efecto, Bach empezó a confiar cada vez más en su intuición y percepción, y cada vez menos en los métodos ortodoxos de investigación.

Un día de 1930 tuvo el fuerte impulso de desplazarse a Gales, descubriendo allí las plantas IMPATIENS Y MIMULUS, las cuales preparó de manera similar a los nosodes, y añadió a éstos, prescribiéndolos según la personalidad del paciente, con excelentes resultados. Ese mismo año hizo lo propio con CLEMATIS. Todo ello le acabó de convencer de que estaba naciendo por fin su trabajo definitivo, y que debía abandonarlo todo (trabajo, laboratorio, consulta, etc.) y trasladarse a Gales para buscar sus remedios en la Naturaleza. La gente que le rodeaba no daba crédito a esa decisión, e intentaron convencerle de que era una estupidez dar tal paso. Pero Bach sabía que lo que iba a hacer no era cualquier cosa. Así, abandonó todo, quedando sin trabajo y sin ingresos. Desde entonces hasta el final de su vida, no cobró dinero a ningún paciente. Los ingresos que recibía provenían de donaciones voluntarias. El año 1930 destruyó todo el trabajo de su laboratorio, quemó sus notas y partió hacia Gales. Vivió en varios pueblos, según marcaba el curso de sus investigaciones.

Bach sabía que sus remedios debían ser preparados mediante una potenciación distinta a la de la homeopatía, pues en esta última, la sustancia original puede ser nociva para el hombre, y mediante la potenciación se vuelve curativa. En cambio, Bach sabía que debería partir de substancias puras e inofensivas. El verano de 1930 encontró ese método de potenciación: comprobó que las propiedades de las flores se transferían al rocío de sus pétalos cuando el sol los calentaba. Así, pudo comprobar que llenando de agua un recipiente de vidrio y cubriéndolo con flores, se transferían algunas propiedades de la flor al agua, cuando se dejaba el bol al sol durante unas cuatro horas. Además, podía notar cuáles eran las propiedades curativas de una flor, simplemente poniéndose un pétalo en la palma de la mano o debajo de la lengua. Como diría él mismo, nunca hasta entonces había tenido un laboratorio tan bien equipado. Aunque utilizó la percepción como método para seleccionar sus flores, luego utilizó también los pasos científicos para corroborar sus propiedades y sus efectos positivos.